目前，国际上的研究结果证明，核磁共振检查对人体没有影响，它是一种绿色的对人体无害的高清检查方式，临床已经大量用于小儿颅内发育异常，胎儿先天缺陷的诊断。虽然核磁共振检查应用历史较短，其远期影响尚无报道。但截至目前，科学研究尚未证实核磁共振检查会影响胎儿智力发育。
但是，检查核磁共振时间的选择非常重要，否则花钱买罪受又不解决问题。通常认为，胎儿器官形成阶段即妊娠前12周的胎儿，对核磁共振期间的噪音和热量很敏感，有一定影响。胎儿在7个月前各个器官的发育在核磁共振下的显像对比度非常不好，所以28周以前做核磁共振的效果没有超声检查好，就是说28周前超声检查更能清楚地观察胎儿。
28周后，胎儿各个器官都能在核磁共振下很好地显像，同时胎儿头部骨头钙化后超声不能清楚观察胎儿头部的病变，此时核磁共振是最好的检查胎儿头部的方法。
